Ancestría Online

Resultados de ChileGenomico en la Web


Sitio web de divulgación de los resultados del estudio ChileGenomico. Aquí podrás explorar los perfiles genéticos asociados a ascendencia (también llamada ancestría) amerindia, africana y europea de los Chilenos. Podrás explorer si existe o no asociación con riesgo genético de sufrir una enfermedad o con otras características poblacionales que tu mismo puedes subir a la plataforma.


Gráfico de asociación entre dos variables


Selecciona las variables que deseas estudiar en el panel izquierdo y el gráfico se modificará automáticamente. Puedes obtener más información poniendo el mouse sobre un punto específico del grafico.


Datos del usuario

De forma opcional, puede cargar un archivo con variables adicionales para cada comuna.

Formato: los datos deben estar en formato tabular, una fila por comuna. Las columnas pueden estar separados por comas, punto y coma o tabulaciones. La primera fila contiene los nombres de las variables. La primera columna debe llamarse Comuna y contiene el nombre de cada comuna. Los nombres deben ser tal cual se describen en:

Territorial codes (Excel format)

Descarge un arhivo de ejemplo con datos comunales que puede usar: ChG_countydata_userdata.csv (csv format).

Bajar CSV

Las columnas están separadas por por punto y coma (';'). Si selecciona filas, solo esas filas estarán incluidas en el archivo.

ANEXO: SNPs enfermedades
Ancestry | Help

Estudio ChileGenomico

Este sito hace disponibles los resultados del proyecto ChileGenomico por comuna de Chile. El proyecto estudia el ADN de voluntarios mediante ensayos de laboratorio que permiten estimar su ascendencia y su riesgo de sufrir enfermedades. La razón de estudiar ambos radica en que el uso de información genética es cada vez más frecuente en medicina y nutrición. Sin embargo, los chilenos somos heterogéneos en cuanto a nuestra composición genética producto del origen diverso de nuestros ancestros y de la estratificación social de la población. Por lo tanto, las asociaciones entre genética y enfermedad pueden no ser adecuadas si no se considera la ascendencia particular de cada persona.

Ascendencia

En el contexto de la genética de poblaciones, llamamos ascendencia, o ancestría, a la proporción de los ancestros de una persona que provienen de un origen particular. La mayoría de los chilenos son descendientes de un mezcla ocurrida varias generaciones atrás entre migrantes europeos, principalmente españoles, migrates africanos y la población indígena que habitaba el territorio que actualmente constituye Chile. Mediante el estudio comparativo de la secuencia de ADN de una persona y la de poblaciones similares a aquellas que participaron del proceso de mestizaje, es posible estimar la proporción de ancestros de un chileno que provienen de cada origen ancestral.

Nuestra base de datos contiene estimaciones de ascendencia para seis orígenes ancestrales: africana (AFR), europea (EUR), sudeste asiático (EAS), amerindia (AMR), aimará (AYM) y mapuche (MAP). La ancestría AMR corresponde a aquella que proviene de cualquier pueblo indígena de américa. Para la mayoría de los chilenos, corresponde a ancestros aimará o mapuche. En el presente estudio, agrupamos en la ancestría MAP a los ancestros provenientes de cualquier pueblo indígena cercano genética mente al pueblo mapuche actual. Esto incluye a los pehuenche, huilliche y otros que ya no existen como pueblo en la actualidad pero que sus genes pueden estar presentes en el genoma de los chilenos, como los picunche.

Riesgo genético

Los investigadores del proyecto realizaron una búsqueda sistemática de los marcadores moleculares de riesgo genético que han sido reportados en la literatura para nueve enfermedades prevalentes en Chile. Los marcadores moleculares son sitios del ADN que pueden tener más de una versión entre los individuos, es decir, son polimórficos. La gran mayoría de estos marcadores del tipo SNP (por su sigla en inglés Single Nucleotide Polymorphism. Por ejemplo, un individuo puede tener un genotipo A/C, mientras que otros, pueden tener A/A o C/C. En cada caso, un alelo fue herdado de la madre y el otro del padre. Mediante estudios genético-epidemiológicos, es posible determinar si personas que portan un alelo determinado, están en mayor o menor riesgo de sufrir una enfermedad que aquellos que no lo portan. Si bien la mayoría de los estudios de asociación genética no han sido realizados en Chile, se seleccionaron aquellos estudios realizados en poblaciones latinas o europeas por su relación con los ancestros de los Chilenos. También se consideraron estudios en poblaciones asiáticas dado que las poblaciones amerindias tienen un origen en ese continente.

Se priorizaron aquellos marcadores con la mayor fuerza de asociación con a lo menos una de las nueve enfermedades consideradas. Nuestra búsqueda resultó en una base de datos que contiene 159 SNPs de riesgo:

SNPs seleccionados para estimar riesgo genético
EnfermedadNo. de SNPs
Cáncer colorrectal20
Enfermedad coronaria18
Diabetes mellitus 221
Enfermedad de Parkinson23
Cáncer gástrico21
Cáncer de mama19
Colelitiasis4
Hígado graso10
Falla renal23
El detralle de los SNPs seleccionados puede encontrarse en la Datos/Snps de Riesgo. Es importante destacar el el nivel predictivo de estos SNPs en la población chilena no ha sido probado. Este us uno de los objetivos del proyecto ChileGenomico y es un estudio que se encuentra en desarrollo.

Gráficos

Defina el título del gráfico en "Graph title" y elija las variables a evaluar.

Tablas de datos a nivel de comuna

Nuestra base de datos por comuna de Chile contiene la siguientes variables:

VariableDescripción
County Nombre de la comuna de origen
N Cantidad de individuos en la comuna
Region Número administrativo de la región
Resid.Region Nombre de la región de residencia
AFR Proporción del genoma con ancestría africana
EUR Proporción del genoma con ancestría europea
EAS Proporción del genoma con ancestría del sudeste asiático
AMR Proporción del genoma con ancestría amerindia
AYM Proporción del genoma con ancestría aimará
MAP Proporción del genoma con ancestría mapuche
Class Promedio de estrato social (1=ABC1, 2=C2, 3=C3, 4=D, 5=E)
Riesgo.Colelitiasis Riesgo genético de Colelitiasis
Riesgo.CColorectal Riesgo genético de Cáncer Colorectal
Riesgo.CGastrico Riesgo genético de Cáncer Gastrico
Riesgo.CMama Riesgo genético de Cáncer de Mama
Riesgo.DM2 Riesgo genético de Diabetes Mellitus tipo 2
Riesgo.ECoronaria Riesgo genético de Enfermedad Coronaria
Riesgo.EParkinson Riesgo genético de Enfermedad de Parkinson
Riesgo.FallaRenal Riesgo genético de Falla Rena Diabétical
Riesgo.HigadoGraso Riesgo genético de Hígado Graso no Alcohólico